豐富有趣的任務和清晰的目的指向是《海盜王online》任務系統的特色。玩家從初入遊戲的新手階段到晉升成為骨灰級的高手階段，都能在遊戲中接到適合自己的任務，不會因為失去指引而陷入無休止地打怪和PK的迴圈中。

《海盜王online》根據任務的功能，將其分為新手任務、職業任務、主線任務、區域任務和歷史任務五大類。當玩家達到任務所需條件時，就能到特定NPC處接下新任務。玩家最多可以接下10個任務，當所接任務數量超過負荷時，玩家可以查詢任務列表，選擇中斷暫時不想完成的任務，以接下NPC交付的新任務。